Vita di Laboratorio - Alla ricerca del F-moc-L-Valina perduta

Salve a tutti!

Sono qui per raccontarvi il piccolo disagio che mi è capitato di vivere prima ancora di iniziare la mia sintesi!

Ad inizio Ottobre ha avuto inizio il mio tirocinio! Un'altra volta! Stavolta per la specialistica. E' stato necessario cambiare laboratorio perché l'orientamento di chimica che ho scelto è "Chimica dei Sistemi Biologici" e non potevo rimanere nel precedente laboratorio dove si faceva sintesi organica.

Inoltre devo ammettere che cambiare laboratorio è stata una sfida piacevole: c'è sicuramente da considerare il disagio di lavorare con persone nuove e con un metodo di lavoro e abitudini diverse dalle precedenti, ma probabilmente questo aspetto è anche quello che aumenta la mia preparazione culturale e la mia capacità di interagire con uno staff diverso.

La prima parte del mio tirocinio prevede la costruzione di un ottamero:

F-Moc-(L-Val-D-Val-)4 -NH-Rinkammide.

In pratica si costruisce su una resina (Rinkammide) una catena di amminoacidi 

(in questo caso 2 amminoacidi cioè la L e la D Valina) 

con una sequenza specifica, per poi attaccare a questa sequenza peptidica un polimero.

Ora per far partire una reazione qualsiasi bisogna premunirsi inanzi tutto dei reagenti!!! 

:D

Quindi sono partita spedita alla ricerca dei miei amminoacidi protetti

(protetti vuol dire che il gruppo amminico è protetto dal gruppo protettore Fmoc) :

L' Fmoc-D-Val l'ho trovata subito, stava lì, nel frigo ad aspettarmi....

ma del Fmoc-L-Val non c'era traccia.

Ho passato un intero pomeriggio a cercare come una matta in tre frigoriferi diversi situati in due edifici diversi (chimica VEC e farmacia). Fallendo miseramente.

La mattina dopo...si è trovata, 

è apparsa dietro dozzine di reagenti in tutto il suo splendore ma... 

"Houston, we've a problem"

("Houston, abbiamo un problema").

"we've a big problem"

Io presa dalla disperazione ho proposto immediatamente di prendere a picconate il ghiaccio!
Tuttavia la mia brillante idea non è stata accolta. Peccato.
La soluzione adottata è stata la seguente:

(ovviamente prima abbiamo staccato la spina del frigorifero)

tre ore dopo...era tra le mie mani.

LA SINTESI PUO' COMINCIARE

En e Xanax

En nome commerciale di un farmaco:

Il delorazepam: 7-Chloro-5-(o-chlorophenyl) -1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one

principio attivo simile di un altro farmaco cioè lo Xanax:

L'Alprazolam: 8-cloro-1-metil-6-fenil-4 H - [1,2,4] triazolo [4,3-a] [1,4] benzodiazepina

Farmaco mirato a combattere i disturbi legati all'ansia e che ritroviamo magicamente a titolo di una delle canzoni di Samuele Bersani...

Se non ti spaventerai con le mie Paure, 

Un giorno  Che mi dirai le Tue troveremo il Modo di rimuoverle. 

In due Si Può lottare come dei giganti Contro OGNI Dolore 

e su di me puoi Contare Per Una Rivoluzione.

Tu hai l'anima che io vorrei Avere.

Strano modo per fare una dedica d'amore  parlare di un ansiolitico

... per dire in maniera alternativa che si ama...

bravo Samuele...dillo in maniera alternativa...

le cose banali non ci piacciono...

d'altronde se lei ha l'anima che tu vorresti avere...

e se lei potrà contare su di te per fare una Rivoluzione...

allora...

non c'è più dubbio...

Per dirti Ciao!

Ciao al sito allosterico...perché non mi veniva l'aggettivo allosterico durante l'esame....'naggia alla paletta!

Il sito allosterico è quel sito attivo dell'enzima dove il substrato o affettore 

(attivatori o inibitori allosterici) 

si lega andando in qualche modo a modificare la struttura terziaria della proteina.

Da ciò ne consegue che il sito attivo della proteina andrà a modificare la sua affinità per il substrato.

Grazie al cielo mi sono ricordata di imbastirgli questo meraviglioso concetto che comunque non era argomento di esame! Mentre mi domandavo con tormento dove voleva andare a parare...

invece non voleva sapere altro.

o.O

Mentre gli raccontavo appunto questa cosa....pensavo come la natura abbia organizzato con diabolica efficienza che la stessa proteina possa "scegliere" se svolgere o meno la reazione.
E noi...fino a che punto siamo autonomi come questi enzimi??
Quanto possiamo "scegliere" le nostre relazioni?
Possibile che non mi abbiano fornito di un efficiente sito allosterico?
Un sito allosterico per discriminare le persone con non vogliono apportare un contributo benefico alla mia esistenza...ecco cosa mi ci vorrebbe...un parametro efficiente per stabilire se è opportuna avere o meno una relazione.

Mentre lancio questa riflessione malinconica in questo post sfrutto la canzoncina del buon vecchio Tizianone per salutare...
Questa settimana saluto parecchie cose:
Questo post è "Per dirti Ciao"

Ciao a chi è partito per andare in Egitto ( ma che per fortuna tornerà),

Ciao al dicronismo circolare, alla birifrangenza circolare al potere di dispersione ottica rotatoria, ai processi di binding e all'esame di Chimica-Fisica dei sistemi biologici. Esame fatto! :D

Ciao a chi mi ha tenuto in standby per tutti questi mesi, promettendomi che non si sarebbe comportato male come alcuni anni fa...e invece lo ha rifatto! Ci è ricascato con tutte le scarpe e tutto l'egoismo! Ciao

DNA Tatoo

E per completare il quadro assolutamente inutile

iniziato nel precedente post...

continuiamo a vedere le scelte estetiche...lanciandoci un pò più speditamente nel mondo organico

e biologico.

Atropa Belladonna

Questa pianta è tra le più importanti e affascinanti che la storia abbia mai avuto!

Una parte del nome della pianta deriva da Linneo:
Atropa è una delle tre Parche di cui narra Omero
(le tre fanciulle che,secondo la mitologia greca, tessevano i fili dei destini degli uomini) 

e, precisamente, di quella che recideva il filo della vita.

L'altra parte del nome belladonna deriva da un curioso costume praticato dalle donne antiche

che mettevano la linfa della pianta negli occhi per dilatare le pupille, creando una specie di sguardo

cristallino e lucido, considerato sensuale e femminile.

L'atropina interferisce nella trasmissione degli impulsi nervosi, provocando una diminuzione della

secrezione salivare, gastrica e sudorale, dilatazione dei bronchi, sensazione di ubriachezza, stati di

allucinazione, coma e, in elevate quantità, può uccidere.

L'atropina è comunemente usata per preanestesia negli interventi chirurgici, ed in oculistica per

dilatare la pupilla ed immobilizzare l'occhio. Ha il vantaggio di poter essere dosata con certezza e

anche iniettata. Poiché rilassa la muscolatura liscia ed inibisce le secrezioni gastriche, l'atropina è un

utile strumento nella cura delle ulcere e, per il suo potere di intervenire nella trasmissione degli impulsi

nervosi, può funzionare da antidoto nei casi di intossicazione da funghi, morfina o gas nervino
(anche se il dosaggio eccessivo presenta gravi rischi).

Un secondo alcaloide contenuto nella belladonna, la scopolamina, viene usato come sedativo,

antispasmodico e dà buoni risultati nella cura dell'asma bronchiale.

Grazie alle proprietà degli alcaloidi (atropina, scopolamina e iosciamina), presenti in significative quantità veniva utilizzata anche da le donne che la storia chiamerà streghe. Ciò potrebbe essere confermato anche dal termine stesso belladonna cioè belle femme in francese ce era considerato un sinonimo appunto di strega....
Come voi tutti sapete alle streghe veniva associata la particolare capacità di volare.
Ma tale capacità non è legata a nessuna testimonianza diretta di tale evento da parte di testimoni, bensì invece alle stesse deposizioni delle "accusate".

Tra gli studiosi è diffusa l'opinione che probabilmente le donne impiegassero su sé stesse i preparati e gli unguenti a base di belladonna, e che i loro voli fossero allucinazioni provocate dalle erbe.

Lo studioso M. Murray ha elaborato una spiegazione ancora più precisa del fenomeno, che riportiamo:

"secondo la tradizione, l'aconito e la belladonna sono gli ingredienti principali degli "unguenti per volare"". L'aconito rende irregolare il ritmo cardiaco e la belladonna provoca il delirio:
"il battito cardiaco irregolare in una persona che si addormenta produce la ben nota sensazione di cadere bruscamente nello spazio, per cui ci sembra senz'altro possibile che la combinazione di una sostanza che provoca il delirio come la belladonna con una droga che rende irregolare il ritmo cardiaco come l'aconito possa dare la sensazione di volare"
(da M. Murray, Il Dio delle streghe, Ed. Ubaldini).

Coltivazione:E' una pianta perenne che si riproduce per seme.

Epoca di raccolta:Subito dopo la fioritura, periodo in cui è massima la concentrazione delle droghe.

E dopo avervi parlato di Atropa e Parche Parche...potevo non mostrarvi una piccolissima parte dell'opera teatrale che più in assoluto ha influenzato la mia vita e la mie capacità mnemoniche...dato che già da piccolissima età ne conosco tutto il contenuto a memoria?

No che non potevo!!
Io amo i "7 RE DI ROMA"
tutti raccontati da Gigi Proietti
e con la Regia di Pietro Garinei
e le musiche di Nicola Piovani.
Vi lascio in compagnia di Tullo Ostilio...

Mercurio- Organomercuriali- enzimi di detossificazione e MerR

Avevamo già parlato del mercurio nel post sulla sindrome del cappellaio matto...tuttavia questo elemento necessita di un post tutto suo per spiegare con più precisione cosa avviene quando il mercurio è nelle cellule.

Il mercurio è tossico per la sua alta affinità per i gruppi -SH, che sono tipicamente il terminale della catena laterale di un amminoacido chiamato Cisteina.

Inoltre in sua presenza è possibile che si formino delle specie ancora più tossiche del Hg(II)  e cioè gli organomercuriali. 

Il sistema batterico utilizza due diversi enzimi per detossificarsi da tali specie:

Organo mercurial-lisasi : RHgX + H⁺+ X^-  → RH + HgX₂

Hg(II)-reduttasi : Hg(SR)₂ + NADPH + H⁺ → NADP⁺+ Hg + 2RSH

Inoltre vi è la collaborazione di un operone

(cioè un insieme di geni che lavorano in maniera assolutamente correlata: da un gene operatore, geni strutturali e un repressore).

L'operone include la codifica di proteineche sono leganti periplasmatici (cioè extracellulari) e proteine di trasporto di membrana per quest'ultimi .

L'operone include anche una proteina regolatrice di trascrizione MerR, che controlla la trascrizione dei geni della detossificazione del Hg.

Essa funziona come un sensore del Hg intracellulare ed è una proteina dimera DNA-legante.

Si lega ad uno specifico sito del DNA in funzione della concentrazione di mercurio.

in assenza di Hg legato

il MerR reprime la trascrizione dei geni,

in presenza di Hg l'attiva.

Il legame del Hg alla proteina produce uno srotolamento del dna di 33°.

Quindi l'Hg agisce sul complesso MerR-DNA e regola l'abilità dell'RNA polimerasi di iniziare la trascrizione.

Ogni ione Hg è legato a tre tiolati, il legame all'interfaccia della subunità induce n cambiamento nella conformazione del dimero che è trasmesso al DNA.

Cromo

Il cromo è un elemento molto interessante.

Lo ione Cromato CrO₄^2-  è quello che viene ritenuto cancerogeno per eccellenza.

Viene trasportato nelle cellule da un sistema di trasporto anionico.
Nel citoplasma reagisce con un tripeptide intracellulare (il glutatione GSH)
che contiene un gruppo cistenil sulfidrilico.

Nella reazione che lo lega al GSH il Cromato subisce una riduzione: da Cr(VI) a Cr(IV).

Il legame con il DNA e la riduzione finale a Cr(III)

sono gli stadi successivi nell'azione cancerogena di questo metallo.

La cosa interessante è che né il Cr(II) né il Cr(III) sono ritenuti cancerogeni

malgrado sia proprio il Cr (III) a legarsi al Dna , perché come tale non può enrare nelle cellule!!

Se ne deduce che il trasposto facilitato è un importante meccanismo

che può influenzare la tossicità.

Carenza di Ferro: Transferrina e ferritina vi pretendo in nome dell'amore se c'è!

 Io non ti voglio ti pretendooooooo
sei l'unico diritto, l'unico diritto che hoooooooo!!!

Così cantava il buon vecchio Raf!!

Non potevo non raccontarvi di questi due enzimi, considerando quanto mi stia a cuore questa faccenda.

Noi mammiferi assumiamo il ferro dal cibo.

Una volta entrato nell'organismo questo elemento viene trasportato in giro dalla Transferrina che è una glicoproteina costituita da una singola catena proteica.

La transferrina dunque lega lo ione Fe(III) e lega una molecola di carbonato fisiologicamente disponibile.

Il legame con il carbonato facilita la formazione con il legame Fe e viceversa.

Essa ha apparentemente una cavità di legame con il carbonato.Quando questo si è legato il sito per il legame con il ferro può coordinarsi in maniera ottaedrica. La sfera di coordinazione del Fe è ottaedricamente distorta e consiste in: due ossigeni di tipo fenolato derivanti dalle catene laterali di due residui aa di Tyr, un azoto imidazolico derivante dalla His, un ossigeno carbossilato derivante dallAsp e appunto due ossigeni dello ione carbonato legato.

La transferrina una volta organizzata si lega ad un recettore di membrana per essere inglobata nelle cellule.

Mi sembra evidente che  a causa della mia significativa carenza di Fe che mi costringe ad essere praticamente dipendente dal Ferrograd....
le mie proteine di transferrina siano tra le più rincojonite mai viste!!!!!

Di una pigrizia inverosimile e sfaccendate al massimo!

Probabilmente gireranno assolutamente confuse e perse ignorando i poveri atomi di Fe presenti nel mio organismo!!

Una volta che il recettore ha legato la transferrina una porzione della membrana  che contiene il recettore si ripiega verso l'interno della cellula  per formare una vescicola rivestita che si ritroverà dentro la cellula.

Nella cellula la vescicola si "sveste" per formare un endosoma.

La membrana dell'endosoma contiene pompe protoniche guidate dall'ATP, queste pompano dentro l'endosoma Protoni per abbassare il pH tra 5 e 6. Infatti a quel pH il Fe verrà rilasciato perché non più correttamente coordinato dato che il carbonato è stato protonato.

Ho fatto una meravigliosa rima o sbaglio??

:D

Dunque il ferro è stato rilasciato...

ed interviene la Ferritina!

La ferritina è quella proteina che si occupa dell'immagazzinamento del Ferro.

Nei mammiferi l'espressione della ferritina e del recettore della transferrina è regolata in modo metallo-dipendente al livello traslazionale.

Se il Fe intracellulare aumenta, la velocità di traslazione dell'mRNA della ferritina aumenta in modo critico.
Al contrario l'mRNA per la trascrizione della Transferrina diventa instabile ad alte concentrazioni di Fe. Questi due fenomeni sono mediati da strutture Ferro-responsabili IREs (Iron Responsive Elements).
Gli IREs formano strutture stem loop ed agiscono come siti leganti
per una proteina chiamata IRE binding protein.
Quando la proteina IRE binding si lega allmRNA della ferritina  ne impedisce la traslazione.
L'affinità di questa proteina per l'RNA è regolata dal Fe.

Concludendo non saprei dire se la responsabilità è delle mie ferritine, delle trasferrine degli IREs o delle IRE binding protein...o quale di queste è l'anello debole del mio povero organismo ^^
sta di fatto che il Fe è un metallo assolutamente indispensabile poiché lega l'ossigeno nei mie polmoni grazie alla Emoglobina Hb e lo immagazzina nei tessuti grazie alla Mioglobina.
Ma questo magari ve lo racconterò un'altra volta.
Io intanto dedico la canzone di RAF al mio ferro sperando di "rimorchiarlo"!!!
:D

Cis-ammino dicloroplatino(II) o cis-platino

Il cis-platino è un farmaco somministrato per via endovenosa.

Metà del platino che entra nell'organismo si lega alle sieroproteine e viene eliminato. 

Il platino "superstiste" viene distribuito nei vari tessuti.

cis-[Pt(NH₃)₂Cl₂]

Il cis-platino diffonde passivamente attraverso la membrana del cellulare per arrivare nell'ambiente citoplasmatico.

 In questo ambiente vi è una bassa concentrazione di anioni Cloruro perciò subisce una parziale idrolisi che dà luogo  a complessi cationici come il cis-[Pt(NH₃)₂(H₂O)Cl]⁺

Trasformandosi da molecola neutra a catione il cis-platino rimane intrappolato nella cellula dove può svolgere attività antitumorale.

Questi complessi cationici diffondono verso il DNA 

(per dirla in maniera più spiccia migrano verso il DNA perché QUESTO è un polianione!!)

Inizialmente formano addotti monofunzionali, in cui solo un legame è con il dna, poi lentamente si chudono ad addotti bifunzionali ove ci sono 2 legami con il dna.

Il cisplatino viene utilizzato come anticancro per :

testicoli,

ovaie,

testa

e collo.

fattore di trascrizione (III)A- TF (III)A & Zn-Fingers & Xenopus africano

Il fattore di trascrizione (III)A si lega al DNA a sito specifico e controlla la trascrizione di geni RNA ribosomiale 5S nel rospo chelato africano XENOPUS

Non è carino?? E' proprio un patatino adorabile!!!!

Stabilito che questa adorabile creaturina sorridente tonta e ghiotta sarebbe veramente tenerissima da avere dentro casa..torniamo al fattore di trascrizione!

Si è stabilito che 3/4 della sequenza a terminale amminico consistevano di 9 sequenza, ciascuna contenente uno Zn legato a due cisteine Cys e due istidine His.

Ogni sequenza forma un dominio strutturale organizzato appunto intorno allo Zn.

Questi domini vengono chiamati Zn-Fingers.

Mi è capitato di studiare per l'esame di bioinorganica questa categoria di domini perché gli ioni Zn con funzione strutturale sn presenti in un ampia varietà di proteine che legano gli acidi nucleici e che sono regolatrici di geni.

Durante la mia ricerca ho visto questo video su youtube,

 e l'ho trovato bellissimo!

E' è lo sviluppo dell'embrione di questa creaturina...

<3

Buon Compleanno alla metà del mio DNA

Buon Compleanno alla metà del mio patrimonio genetico!!

Caso ha voluto che io non mi sia mai ricordata del compleanno di mio padre quando era in vita!!

Da quando è morto invece ogni 14 settembre mi balena in testa che è il suo compleanno!

Ironia del destino!

Peccato che non gli posso più fare gli auguri di Compleanno!

Ma in realtà non è così se ci si pensa bene...

perché la metà di mio padre è dentro ogni mia cellula...

così...

esistono due conclusioni  a codesta faccenda...
1) mi posso fare per metà gli auguri da sola,
2) è che mi merito un regalo!!!

:D

poiché oggi è il mio 1/2 ( compleanno)

SONO UN GENIO!!

:D

Se questa lunga scala a pioli avesse avuto un ordine di basi nucleotidiche 

diverse da quelle che effettivamente ha?

Come sarei io? Come sarebbero andate tante cose?

Le solite domande esistenziali che è meglio non porsi perché non ci aiutano.

L'albero

L'albero è un simbolo meraviglioso.

Lo guardo su una partecipazione di nozze che è qui davanti a me...è il simbolo più bello che potevano scegliere...quello più rappresentativo: l'albero nasce dalla terra e rimarrà legato ad essa per sempre, troverà sostentamento in essa e quando morirà si decomporrà tornando parte della terra ...è simbolo di vita, se necessario si piegherà ai forti venti che lo scuoteranno, ma continuerà a crescere, magari piegato,forse sfregiato da una tempesta...ma continuerà a crescere dando a primavera fiori e in estate frutti...

Non c'è che dire...il simbolo più bello di tutti da scegliere.

Continuo a rimirare questa partecipazione di nozze...nella speranza di Illuminarmi...nella speranza di capire cosa devo fare del mio di albero...della mia vita.

Molti anni fa ho deciso che quando sarei stata grande nel soggiorno della mia casa avrei dovuto mettere un albero.

Un albero finto per non far soffrire in un ambiente non adatto ciò che è nato per stare in una terra grande.

Mi ci sono proprio fissata in codesta ricerca.

Così negli anni ho iniziato a cercare tutti gli alberi che erano stati messi nei soggiorni e nelle camere per ispirarmi e questa è la collezione che ho raccolto:

Alcune di queste foto sono per camere da bambini, altre ringhiere per le scale, una disegnata un altra puramente decorativa.

Chissà come questo pensiero fisso dell'albero nella mia casa...non è andato più via.

Forse ho cerco di riprodurre quella sensazione bellissima che avevo quando andavo a Scout e nei momenti di "libera" (dopo mangiato) ci si distendeva a guardare in alto. 

Gli alberi ti circondavano e le fronde coprivano parzialmente il cielo. Era bellissimo..un senso di calma ti invadeva (o forse era digestione :D del panino di cui ti eri ingozzata!) e il mondo sembrava più lontano...distante e francamente meno importante!

E forse quel "vedo non vedo" del cielo e della luce causato dalle fronde degli alberi mi permetteva di apprezzare di più il cielo. Io il cielo non lo guardavo mai...mai.

Non guardavo mai il cielo e non guardavo mai da lontano con gli occhi...

e infatti sono diventata Miope!!!

Giuro! Non è una bugia.

Non ho mai allenato gli occhi a guardare lontano...così a 14-15 anni sono diventata miope e ho dovuto mettere gli occhiali...

Ora mi viene in mente che sarebbe stato francamente meglio leggere un pò meno libri (in particolare quelli non scolastici...che forse sono la "causa" di tutti i miei mali :D) 

e guardare di più il cielo.

Scherzo...

In realtà vi starete chiedendo che c'entra con la chimica questo post sdolcinato?

Tutto.

Perché il legno degli alberi è costituito lignina che è un complesso polimero organico che permette, grazie alla sua resistenza e durezza, di far crescere in altezza le piante e quindi anche gli alberi.

Così penso alla resistenza del legno sostenuto da queste poderose catene di unità fenilpropiniche, ma più in generale di composti fenolici. Tutti legati tra loro...

Tutto è legato:

la resistenza di questo tavolo in legno che mi sorregge il computer mentre scrivo, 

la libreria che sostiene tutti i libri che mi hanno resa miope,

l'albero della vita come rappresentazione simbolica di una partecipazione di nozze...

tutti si lega...

due persone si legano

la chimica si lega...

sempre.