Laurea in Chimica i requisiti li abbiamo ma non è mai abbastanza!

Vita di Laboratorio - Alla ricerca del F-moc-L-Valina perduta

Salve a tutti!

Sono qui per raccontarvi il piccolo disagio che mi è capitato di vivere prima ancora di iniziare la mia sintesi!

Ad inizio Ottobre ha avuto inizio il mio tirocinio! Un'altra volta! Stavolta per la specialistica. E' stato necessario cambiare laboratorio perché l'orientamento di chimica che ho scelto è "Chimica dei Sistemi Biologici" e non potevo rimanere nel precedente laboratorio dove si faceva sintesi organica.

Inoltre devo ammettere che cambiare laboratorio è stata una sfida piacevole: c'è sicuramente da considerare il disagio di lavorare con persone nuove e con un metodo di lavoro e abitudini diverse dalle precedenti, ma probabilmente questo aspetto è anche quello che aumenta la mia preparazione culturale e la mia capacità di interagire con uno staff diverso.

La prima parte del mio tirocinio prevede la costruzione di un ottamero:

F-Moc-(L-Val-D-Val-)4 -NH-Rinkammide.

In pratica si costruisce su una resina (Rinkammide) una catena di amminoacidi 

(in questo caso 2 amminoacidi cioè la L e la D Valina) 

con una sequenza specifica, per poi attaccare a questa sequenza peptidica un polimero.

Ora per far partire una reazione qualsiasi bisogna premunirsi inanzi tutto dei reagenti!!! 

:D

Quindi sono partita spedita alla ricerca dei miei amminoacidi protetti

(protetti vuol dire che il gruppo amminico è protetto dal gruppo protettore Fmoc) :

L' Fmoc-D-Val l'ho trovata subito, stava lì, nel frigo ad aspettarmi....

ma del Fmoc-L-Val non c'era traccia.

Ho passato un intero pomeriggio a cercare come una matta in tre frigoriferi diversi situati in due edifici diversi (chimica VEC e farmacia). Fallendo miseramente.

La mattina dopo...si è trovata, 

è apparsa dietro dozzine di reagenti in tutto il suo splendore ma... 

"Houston, we've a problem"

("Houston, abbiamo un problema").

"we've a big problem"

Io presa dalla disperazione ho proposto immediatamente di prendere a picconate il ghiaccio!
Tuttavia la mia brillante idea non è stata accolta. Peccato.
La soluzione adottata è stata la seguente:

(ovviamente prima abbiamo staccato la spina del frigorifero)

tre ore dopo...era tra le mie mani.

LA SINTESI PUO' COMINCIARE

La scuola è finita!

La scuola è finita, e con essa anche le ripetizioni per questo anno!

Volevo scrivere un post per ringraziare tutti i ragazzi e le ragazze (...quasi 20...) 

che questo anno ho seguito...che mi hanno fatto lavorare ma che sopratutto mi hanno fatto crescere tantissimo culturalmente e umanamente!

Un grazie alle loro domande e ai loro dubbi che mi hanno "obbligato" a definire i miei pensieri in parole e in concetti chiari.

Grazie alle domande che mi hanno messo in difficoltà e che mi hanno costretto ad approfondire ciò che non sapevo o che sapevo troppo superficialmente! 

Un grazie ai loro caratteri così diversi, che mi hanno permesso di trovare strategie diverse per cercare di entrare in sintonia con le loro personalità.

Grazie di cuore!

Spostamento chimico o chemical schift

L'origine del "chemical schift" o dello spostamento chimico quando parliamo di risonanza magnetica nucleare è un po come quando gli psicologi chiedono al proprio paziente di parlargli della propria famiglia e dell'ambiente in cui sono vissuti.

Facciamo prima un breve quadro sull'NMR (Risonanza Magnetica Nucleare) 

e vediamo su cosa si fonda a grandi linee:

Tutti i nuclei possiedono una carica e in alcuni di essi questa carica ruotando sull'asse nucleare produce un dipolo magnetico orientato parallelamente all'asse di rotazione.

Nel caso in cui dei nuclei con spin1/2 vengano immersi in un campo magnetico esterno esistono due livelli energetici con un leggero eccesso della popolazione nello stato ad energia inferiore in accordo con la distribuzione di Boltzmann. i livelli sono etichettati 1/2 e -1/2 .

Una volta individuati i livelli energetici si fornisce energia      delta E = h gamma/(2 p greco)B°

Ciò permetterà di promuovere la transizione tra quei livelli energetici in un campo stazionario avente intensità B°.

prendiamo a riferimento il nucleo di protone (nucleodell'isotopo 1 di idrogeno) e cerchiamo di capire perché ogni nucleo con un intorno chimico diverso si andrà a comportare in modo diverso:

un protone (nucleo dell'isotopo 1H) in una molecola viene schermato dalla propria nube elettronica, la cui densità varia dall'intorno chimico.

Tale variazione dà origine a differenze nelle posizioni dello spostamento chimico.

Capito niente??

Mi rendo conto che non sia proprio intuitivo...e vi confesso che dopo parecchi esami ancora non lo è neanche per me...^^

Sta di fatto che volendo semplificare in maniera un po ironica ci sta dicendo che ciascun nucleo è apparentemente identico, ma in realtà è completamente influenzato dall'ambiente in cui si trova. 

A causa dell'influenza che esercitano gli elettroni ciascun nucleo si comporterà in maniera differente.

Mi è venuto perciò questo parallelismo tra una seduta d'analisi in cui prima di capire chi si ha davanti ...

è necessario capire da quale contesto ambientale l'individuo provenga. 

Così  stasera ne ho dedotto che invece di interrogarmi domandandomi perché sono come sono e perché mi sono plasmata in questo modo...dovrei interrogarmi sulla mia storia e sull'ambiente in cui sono cresciuta; sulle dinamiche familiari che ho avuto, sulle dinamiche affettive che ho vissuto e con cui mi sono scontrata.

Mi dovrei ricordare che partecipo alla vita delle persone che mi circondano 

influenzandone il loro chemical schift.

Ma anche loro influenzano il mio.

In fondo ciascuno di noi assomiglia terribilmente ad un nucleo.

Sostituzioni Nucleofile alternative raccontate attraverso la mia tragica vita

E' verità universalmente ammessa che uno scapolo debba sentire il bisogno di ammogliarsi

Era la frase scritta sulla copertina di Orgoglio e Pregiudizio...ed era anche la prima frase di quello stesso libro...del Mio libro...

Cara Jane...come vorrei che fossi nata nella mia epoca...Jane aiutami....perché quella che per la tua epoca era una "verità universalmente ammessa"

per noi è diventata un tabù!
Poco male!

Il problema è che è diventato un tabù anche "semplicemente" impegnarsi...

semplicemente ammettere di volersi bene...

Ignorarsi è la parola d'ordine,

l'indifferenza regna sovrana 

e viene utilizzata come unica strategia di "comunicazione"
o meglio come unica strategia di non comunicazione.

Come se un  nucleofilo con una maggior affinità per quel substrato
venga ignorato totalmente dal substrato stesso.

In Natura queste cose non accadono...

invece nella mia vita accadono

ne consegue con diretta conseguenza logica che o

la mia vita non sia naturale o io stessa non sia parte della natura.

Riflessioni esistenziali super confuse venutemi ieri sera mentre piangevo...

la notte è assurda ti fa venire idee assolutamente improbabili...

Comunque sentite questa:

Ora vi spiego l'idea geniale che mi è venuta in prossimità della sessione d'esame:

I partecipanti a questa storia sono:

il nucleofilo Nu(-) sono io!!!

l'ossigeno O è un ragazzo che chiameremo casualmente Carlo

il carbonio C è la ridente cittadina di Bolzano (in cui non sono mai stata) la quale a sua volta è legata al suddetto ragazzo e al gruppo generico R il quale rappresenta tutto ciò ama il suddetto ragazzo cioè in particolare il suo lavoro e tutte le passioni che ne conseguono da esso!

Il gruppo X è l'indifferenza nei miei riguardi e lo rappresenteremo simbolicamente con il suo egoismo.

Ecco l'idea:

L'attacco nucleofilo prevede di mettermi dentro un treno per Bolzano 

senza avere la più pallida idea di dove andare (cioè senza indirizzo...senza niente!)!

Il buon senso regna nel mio piccolo cervello...

Una volta raggiunta la ridente cittadina di Bolzano (cioè nella figura il carbonio)

avverrà in automatico una faccenda

la carica negativa si sposterà sulla persona in questione (Carlo)

la carica negativa su di lui sarà altissima considerando che non mi parla,

e a questo punto possono avvenire due cose:

o l'affinità del nucleofilo (cioè io) viene completamente e totalmente ignorata e l'affinità per il simpatico gruppo X rimane maggiore per cui io me ne riesco 

o per dirla in maniera più tragica vengo malamente cacciata;

oppure (nelle mie fantasie c'è ovviamente quest'ultima opzione)

come avviene nella figura io non vengo cacciata dal carbonio 

ed esce quell'egoista del gruppo X.

Cioè lui se la pianta di fare lo stronzo!

Che meraviglia!

:D

Ditemi se dopo che vi ho raccontato questa idea meravigliosa non sono un genio!

:D

Potrei anche riscrivere tutto il libro di Chimica Organica con la mia vita! 

:D

...ok, non voleva essere una minaccia.

En e Xanax

En nome commerciale di un farmaco:

Il delorazepam: 7-Chloro-5-(o-chlorophenyl) -1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one

principio attivo simile di un altro farmaco cioè lo Xanax:

L'Alprazolam: 8-cloro-1-metil-6-fenil-4 H - [1,2,4] triazolo [4,3-a] [1,4] benzodiazepina

Farmaco mirato a combattere i disturbi legati all'ansia e che ritroviamo magicamente a titolo di una delle canzoni di Samuele Bersani...

Se non ti spaventerai con le mie Paure, 

Un giorno  Che mi dirai le Tue troveremo il Modo di rimuoverle. 

In due Si Può lottare come dei giganti Contro OGNI Dolore 

e su di me puoi Contare Per Una Rivoluzione.

Tu hai l'anima che io vorrei Avere.

Strano modo per fare una dedica d'amore  parlare di un ansiolitico

... per dire in maniera alternativa che si ama...

bravo Samuele...dillo in maniera alternativa...

le cose banali non ci piacciono...

d'altronde se lei ha l'anima che tu vorresti avere...

e se lei potrà contare su di te per fare una Rivoluzione...

allora...

non c'è più dubbio...

Buon Natale!!!

Tomas Bata University in Zlín (Czech Rep.)

Fremont California

Institute of Chemistry, Faculty of Natural Science and Matematics, Skopje, Macedonia

Per dirti Ciao!

Ciao al sito allosterico...perché non mi veniva l'aggettivo allosterico durante l'esame....'naggia alla paletta!

Il sito allosterico è quel sito attivo dell'enzima dove il substrato o affettore 

(attivatori o inibitori allosterici) 

si lega andando in qualche modo a modificare la struttura terziaria della proteina.

Da ciò ne consegue che il sito attivo della proteina andrà a modificare la sua affinità per il substrato.

Grazie al cielo mi sono ricordata di imbastirgli questo meraviglioso concetto che comunque non era argomento di esame! Mentre mi domandavo con tormento dove voleva andare a parare...

invece non voleva sapere altro.

o.O

Mentre gli raccontavo appunto questa cosa....pensavo come la natura abbia organizzato con diabolica efficienza che la stessa proteina possa "scegliere" se svolgere o meno la reazione.
E noi...fino a che punto siamo autonomi come questi enzimi??
Quanto possiamo "scegliere" le nostre relazioni?
Possibile che non mi abbiano fornito di un efficiente sito allosterico?
Un sito allosterico per discriminare le persone con non vogliono apportare un contributo benefico alla mia esistenza...ecco cosa mi ci vorrebbe...un parametro efficiente per stabilire se è opportuna avere o meno una relazione.

Mentre lancio questa riflessione malinconica in questo post sfrutto la canzoncina del buon vecchio Tizianone per salutare...
Questa settimana saluto parecchie cose:
Questo post è "Per dirti Ciao"

Ciao a chi è partito per andare in Egitto ( ma che per fortuna tornerà),

Ciao al dicronismo circolare, alla birifrangenza circolare al potere di dispersione ottica rotatoria, ai processi di binding e all'esame di Chimica-Fisica dei sistemi biologici. Esame fatto! :D

Ciao a chi mi ha tenuto in standby per tutti questi mesi, promettendomi che non si sarebbe comportato male come alcuni anni fa...e invece lo ha rifatto! Ci è ricascato con tutte le scarpe e tutto l'egoismo! Ciao

DNA Tatoo

E per completare il quadro assolutamente inutile

iniziato nel precedente post...

continuiamo a vedere le scelte estetiche...lanciandoci un pò più speditamente nel mondo organico

e biologico.

Chemistry Tatoo

Vorrei specificare che non ho alcun tatuaggio.

Non sono una fan e non sono contraria.

Ma mi piaceva l'idea di mostrarvi

alcune scelte estetiche ...

Iniziamo da un classico intramontabile:

l'Atomo di Rutherford

Che rimarrà nel tempo l'immagine intramontabile dell'atomo...

bellissimo!! Seppur scorretto...

Poi iniziamo con tutti i giochi  di parole e gli elementi della tavola periodica...

Risulta evidente un filone  di "pensiero"...

Lei invece ha deciso di scriversi il nome...

per non scordarselo!

Lui invece è un altro che ci ri-pensa...

Questo tipo (o tipa) impossibile stabilire dalla schiena il sesso di codesto individuo (sarà una donzella generosa nelle forme o un maschietto dalla schiena tracagnotta?) boh...

Gli/le piaceva spiegarci il legame ionico..grazie! Oppure...

gli piace il salato..non c'è dubbio!

Lui invece ha questo bicipite possente che era proprio da evidenziare con un bel tatuaggio!!!

Il tipico braccio del sollevatore di penne biro e beute vuote!!

Bravo! Continua così!

Questo poi non ne parliamo proprio!!

Lui sembrerebbe avere un flusso arterioso di tutto rispetto

segno evidente di una ossigenazione significativa...

poi sto benzene nudo e crudo..pulito pulito...ci sta una favola!

Poi c'è chi ha deciso di avere sempre la tavola periodica a portata di mano!

...ops...

di braccio :)

Lui invece ha deciso di proporre il Verbo Chimico anche in spiaggia!

Di modo che tutti si possa ripassare!

E sto tipo mezzo albino...che mette una cifra angoscia?

Ma è possibile che non aveva un amico che gli poteva fare una foto!?

  

Lei sembra tanto caruccia

sebbene rimanga un mistero per me capire il senso di farsi un tatoo sulla schiena...

 Poi c'è il mammone...

la mamma è sempre la mamma

e una beuta ce sta sempre bene! ...???

o.0

 La prossima volta vi metto quelli sul DNA!!